天孫降臨に先立ち、天神の使神が出雲の国に降り、大国主命（出雲大社御祭神）に「この国を天神の御子孫にたてまつれ」とお伝えになった。大国主命は三穂之碕で魚釣りをされていた事代主神（大国主命の御子・美保神社御祭神）のもとに、熊野諸手船（またの名を天鴿船）をもって使者稲背脛命をお遣わしになり、ご判断を仰がれた。事代主神は父神に対し「畏しこの国は天神の御子に奉りたまへ」と答えられ、ここに大国主命は出雲国を天神の御子孫に譲るご決意をなされた。
諸手船神事はこの記紀に伝える「国譲り」の故事に因み、御祭神の恭順忠誠のご事蹟を偲び、古型を保持する諸手船を浮かべて奉仕する神事である。 古くは霜月の中の午の日に国家安泰と五穀豊穣・大漁満足を祈願する八百穂祭として行われ、現在は新嘗祭と共に１２月３日に斎行されている。
神事の大要は、先ず１１月２７日の末社・地主社（御祭神・事代主神の御陵と言い伝えられる）の宵祭から始まる。
１２月１日、御注連縄懸式。同日夜、客人當（客人社の當屋）が神楽を納め参籠する。
前日１２月２日午後、末社・客人社（大国主命を祀る）の宵祭を行う。これを神事の前儀とする。本社「宵祭」の儀は拝殿の前で庭燎を焚き上げ、氏子の頭人・両當屋（一ノ當・二ノ當）・客人當・休番２人が拝殿に著き、次に宮司以下が昇殿し、開扉、奉幣の儀があり、次に大御前（左殿、三穂津姫命を祀る）・二御前（右殿、事代主神を祀る）に諸々の献饌をし、祈願、閉扉の後、宮司の司舞、巫女舞があって終わる。
明けて１２月３日、当日になると、午前中新嘗祭があり、これを終わり諸手船神事を行う。 氏子は午前中に潮掻きをし、午後になると頭人・客人當は荒布小素襖・帆懸烏帽子で、また両當屋・休番・上番（頭人を終えた氏子）・準番（當屋を終えた氏子）達は裃で社頭に参集し、禰宜以下の神職に付いて、大国主命を祀る客人社に参向し、祭典を終えた後、会所で直会（拝酒芋膳のことあり）がある。
いよいよ定刻（午後２時）になると、宮司以下神職が昇殿し、開扉、奉幣すると、裃着の庄屋・年寄代が小幣を捧げて上ノ神楽を納める。 次に宮司は本殿の階を降り、客人社に向かって設けられた神籤の座に着く。 そして諸手船２艘に分乗する者として真剣持ち（両當屋が当たる）１人ずつ、大脇（大櫂の脇子の意味で客人當と休番とが当たる）１人ずつを指名し、改めて神籤によって、上番中から大櫂（梶取りの役）１人ずつ、準番中から檝子６人ずつを宣示する。

創建の由緒は不詳であるが、8世紀に編纂された『出雲国風土記』の神社台帳に記載される古社である。延喜式神名帳では小社に列する。
中世より横山氏が神職を世襲した。近世頃から「大社（出雲大社）だけでは片詣り」と言われるようになり、出雲大社とともに参拝者が増えるようになった。出雲大社とあわせて「出雲のえびすだいこく」と総称される。
明治18年（1885年）に国幣中社に列せられ、第二次世界大戦後は神社本庁の別表神社となった。