なめこには食物繊維が豊富に含まれています。
なめこの食物繊維のバランスは理想的で、「不溶性：2.3g」「水溶性：1.0g」と2：1の割合で含まれています。
不溶性食物繊維は、発がん物質や化学物質など有害な物質を排出する効果が、水溶性食物繊維は、腸内環境を整えて便秘を解消する働きがあります。
また、コレステロール値の低下や血糖値の上昇を緩やかにする作用もあります。そのため食物繊維を含むなめこは、生活習慣病や肥満の予防に有効です。

なめこにはβ-グルカンと呼ばれる食物繊維の一種が含まれています。β-グルカンはキノコや酵母類・海藻・大麦などに含まれているグルコースがβ結合によって連結した多糖体の総称で、様々な種類がありますがキノコ類に含まれているβ-グルカンは免疫細胞の活性化・免疫の関連物質であるインターフェロンの分泌促進作用を持つと考えられています。β-グルカンの有効性や推奨量などについては研究途中ですが、摂取しても胃腸で消化・分解されずに腸内の免疫担当細胞に働きかけ、免疫力機能を活発化・向上させる作用が見られたという報告は各国の研究機関からなされています。

なめこの栄養にはナイアシンが多く含まれています。
ナイアシンは水溶性のビタミンに分類される栄養で、炭水化物、脂質等の代謝をサポートする補酵素の役割があります。
さらにアルコールの代謝を促し、アセトアルデヒドを分解する働きがあることが知られています。
お酒を飲む前に摂取すれば、二日酔い防止の効能を期待できるそうです。