プロ野球の歴史をさかのぼると最初はセリーグとパリーグの区別はなく、日本野球連盟という1つのリーグで行われていました。

1リーグ制で行われていたのは1936年から1949年までの計13シーズン（1945年は戦争の影響で中止）。球団数は5チームから9チームの間で変動していました。

東京巨人軍（現・読売）、大阪タイガース（現・阪神）、名古屋軍（現・中日）などは戦前からリーグに参加していました。

2つのリーグに分かれることになったのは、1949年に毎日オリオンズ（現・千葉ロッテ）がプロ野球への新規参入を表明したことがきっかけでした。そのとき、新規参入を巡って賛成のチームと反対のチームに分かれてしまいました。

その結果、1950年から毎日オリオンズの新規参入に賛成した球団がパリーグ、反対した球団がセリーグとなりました。

1950年に2リーグ制が始まったとき、セリーグには読売ジャイアンツ、中日ドラゴンズ、松竹ロビンス、大阪タイガースの4チームが入りました。

そこに新球団の大洋ホエールズ（現・横浜DeNA）、広島カープ（現・広島東洋）、西日本パイレーツを加えて7球団。さらに、国鉄スワローズ（現・東京ヤクルト）も新たに加わって、8球団でのスタートとなりました。

その後、西日本パイレーツがリーグを脱退、大洋と松竹が合併して大洋松竹ロビンスとなったことで現在の6球団となっています。

一方のパリーグには、阪急ブレーブス（現・オリックス）、南海ホークス（現・福岡ソフトバンク）、東急フライヤーズ（現・北海道日本ハム）、大映スターズが入りました。

そして、2リーグ制への移行のきっかけとなった新球団の毎日オリオンズ、西鉄クリッパーズ（現・埼玉西武）、近鉄パールズを加えた7球団でスタート。1954年には高橋ユニオンズが加盟し、その後、高橋と大映が合併、そのチームがさらに毎日と合併しました。

さらに、2004年には近鉄とオリックスが合併して東北楽天が参入し、現在の6球団となっています。

セリーグとパリーグの2つのリーグに分かれたことで、1950年からスタートしたのが日本シリーズです。1リーグ制の時代にはリーグの優勝チームがそのまま日本一でしたが、2リーグになったことで2つのリーグの優勝チームが日本一をかけて対戦することになりました。初年度の1950年から、現在と同じように4戦先勝の7試合制で行われていました。

レギュラーシーズン中に両リーグのチームが対戦するのが、2005年にスタートしたセパ交流戦です。それ以前はセリーグのチームとパリーグのチームが対戦する公式戦は日本シリーズのみでしたが、リーグを超えた勝負が多く見られるようになりました。

日本シリーズでもそうですが、DH制に関してはパリーグのホームゲームでは採用され、セリーグのホームゲームでは採用されません。