ほとんどがウイルスや細菌が原因の感染性腸炎です。いちばん多い原因はウイルス感染で、ノロウイルス、乳幼児の腸炎の原因となるロタウイルスなどがあり、秋から冬にかけて流行する傾向があります。二枚貝（カキなど）、生魚、生肉などに存在し、直接、汚染された食品を口にする場合と、調理人の手に付いたウイルスで汚染された食品を口にする場合があります。
細菌には、O-157などの病原性大腸菌（牛肉など）、ブドウ球菌（おにぎりなど）、カンピロバクター（豚肉など）、サルモネラ菌（卵など）、腸炎ビブリオ（カキ、魚介など）などがあり、夏に流行する傾向があります。ほかにも、以前、からしれんこんによる食中毒で有名になったボツリヌス菌などがあります。感染経路は、ウイルスと同様に、汚染された食品を直接食べる場合と調理人を介する場合があります。また、日本ではほとんどみられなくなりましたが、海外旅行、特に東南アジア、発展途上国への渡航の際、汚染された食べ物や生水の摂取によって感染するコレラ菌、赤痢菌、チフス菌、パラチフス菌などがあります。
非感染性腸炎は、薬剤、特に抗菌薬の服用、貝類、キノコ類、山菜などの毒素が原因となります。

多くは肺結核の患者が結核菌を含んだたんを飲み込むことから起こります。肺結核の減少に伴い腸結核も減り、現在では活動性の腸結核はまれです。
活動期には下痢、腹痛、発熱、倦怠感などの症状が出現します。特に小腸の結核では、栄養状態が急にわるくなり体重が減少し、顔色もわるくなります。炎症が進むと腸管の内腔が細くなることがあり、吐き気や嘔吐を伴います。
中高年者ではこのような症状に気づかずに腸結核が自然治癒し、その後、腹部、多くは右下腹部にしこりが偶然見つかることがあります。

虫垂は虫垂突起ともいわれ、盲腸から突出した長さ約５～７cmの細長い管腔で、退化した臓器の一つです。この虫垂に炎症が合併したものが虫垂炎（俗にいう盲腸炎）で、虫垂を切除しても障害はないと考えられています。
虫垂炎は、突然おなかが痛くなる疾患のなかで、もっとも頻度の高いものです。どの年齢層にもみられますが、乳児にはまれで、幼児期以降、特に10歳代後半から20歳代に多くみられます。盲腸が固定されていないために右下腹部痛を起こす「移動盲腸」も、虫垂炎にかかりやすいといわれています。
糞便、タネなどの異物、先天的な形態異常、腫瘍、感染症により虫垂の内腔がふさがり、そこに細菌が増殖して炎症が起こると考えられています。また、生活環境にも関係があり、先進国に多く、過労や暴食のあとにも多い傾向があります。
腹痛、発熱（37℃台の微熱）、吐き気、嘔吐（おうと）などで発症しますが、腹痛がもっとも重要な症状です。初期はおなか全体、特にみずおちに痛みをうったえ、24時間以内に右下腹部に痛みが移るのが典型的な例です。また、虫垂の先端が背中側にくっついている場合は、歩行時に右下腹部の痛みが強くなることや、腰痛を伴うこともあります。
おなかの力を抜けないほどの痛みや、右下腹部を押さえてから急に放すと痛みが強くなるときは炎症が虫垂壁を越えてその周囲まで及んでいる可能性が高く、緊急に手術をおこなう必要があります。
発熱は、必ずしも虫垂の炎症の程度をあらわしたものではありません。炎症が虫垂だけに限局していれば、発熱という全身反応が起きないことがあります。逆に急に高熱になり、痛みの範囲が右下腹部から腹部全体にひろがり、痛みの程度も強くなった場合、炎症によって虫垂の壁に孔があき、うみがおなかの中にひろがり、腹膜炎を起こしている可能性が高いと考えられます。しかし、高齢者の場合は、たとえ腹膜炎を起こしていても、発熱しないことがあるので注意が必要です。
吐き気・嘔吐は虫垂炎による周囲への刺激で起こるので、ある程度の強い炎症が起こっていることが疑われます。炎症に伴い腸の運動が低下して便秘などの便通異常をきたすこともあります。